La storia di Bioagricert inizia nel 1984 con il nome di Bioagricoop, quando un gruppo di tecnici, esperti ed agronomi del settore alimentare iniziano ad operare come Organismo Tecnico Indipendente di Controllo e di Certificazione verso le aziende che volontariamente si sottoponevano a questi controlli.
Il 29 luglio 2002 il Ministero Politiche Agricole (MiPAF) emana il Decreto di riconoscimento approvando il trasferimento dell’attività di controllo e certificazione da Bioagricoop s.c.r.l. a Bioagricert s.r.l.
Dal 2002 tutta l’attività di controllo e certificazione viene trasferita a Bioagricert mentre Bioagricoop continua ad occuparsi della promozione, formazione e ricerca in agricoltura biologica e sviluppo sostenibile.
Boagricert controlla oggi oltre 7.500 aziende in Italia e 3.000 all’estero; si avvale di oltre 140 ispettori di cui circa 90 solo in Italia.